药学系成立于2005年，开设有药学、药品经营与管理、中药学三个专业，其中药学专业为河南省骨干专业、河南省民办教育品牌专业、河南省高等学校“专业综合改革试点”专业；建有校企结合药学国家级生产性实训基地、省级药学生产性实训基地、郑州地方高校药学示范性实训基地、郑州市中医药传承社科基地等，获郑州地方高校药学专业药学服务技术技能优秀名师工作室、郑州地方高校药学服务优秀教学团队、河南省优秀基层教学组织、河南省课程思政示范项目名师、名师团队等称号；承担有河南省职业教育药学专业教学资源库、河南省精品在线开放课程等建设项目。药品经营与管理专业于2019年获批成为河南省学科专业建设点。

药学系根据学科特点，结合学科建设和教学科研工作的需要，着力于全面提高教师的综合素质、教学科研能力、知识创新能力和整体学术水平，建设了一支素质优良、富有活力、勇于创新、适应学校专业建设和发展需要的专兼职教师队伍。药学系教师队伍中多人次先后获河南省教学名师、河南省文明教师、河南省骨干教师、河南省优秀科技特派员、河南省社会实践先进工作者、郑州市巾帼科技带头人、郑州市师德标兵、郑州市优秀教师等荣誉称号。

药学系根据社会、人才市场的需求，围绕药学服务，强调“工学结合”，加大教育教学改革力度，突出专业优势，凸显专业特色，切实强化实践性教学环节，按照“突出特色，优化资源，调整结构，完善功能”的原则，整合实验资源，建设了与就业岗位接轨的校内外实验实训基地。 

药学系自开设以来，已为医药生产企业、经营企业、医疗机构及其他医药健康产业行业输送了大批药学专业技术技能型人才，受到了各用人单位和社会的一致好评与称赞。

近年来，药学系学生在河南省大学生挑战杯及创业大赛中获奖9项，其中金奖1项，一等奖2项，获省、市创新创业训练、实践项目4项，7人次获河南省优秀指导教师。新冠疫情发生以来，药学系数百名毕业生及在校生加入到各地战疫队伍，10多名学生受到当地政府表彰，涌现出一批以被河南教育宣传网报道的吴海洋为代表 “最美逆行者”，充分展示了药学人的责任与担当。