郑州澍青医学高等专科学校基础医学部成立于2003年，是学校主要的教学管理部门之一。基础医学部现有人体解剖学、药理学、病原生物学与免疫学、生理学与病理生理学、组织胚胎学与病理学、医用化学6个教研室。人体解剖学实验室和组织胚胎学与病理学实验室均为郑州市重点实验室。人体解剖学教研室顺利通过郑州地方高校优秀基层教学组织结项，病原生物学与免疫学教研室顺利通过郑州地方高校优秀基层教学组织立项。组织学与胚胎学、药理学2门课程获批河南省高等职业学校精品在线开放课程，病原微生物与免疫学课程获批河南省职业教育精品在线开放课程。

基础医学部建立了一支治学严谨、师资结构合理的老中青结合的教师队伍，承担学校临床医学、口腔医学、中医学、针灸推拿、护理、助产、药学、康复治疗技术、口腔医学技术、医学检验技术、医学影像技术、卫生信息管理等20多个专业的基础医学教学工作，担任《人体解剖学》《组织胚胎学》《生理学》《病理学与病理生理学》《病原微生物与免疫学》《生物化学》《药理学》《病理解剖学》《口腔组织病理学》等课程。